小健是一个敏感胆小的孩子，因为身患哮喘，从小远离人群。在医生的建议下，小健和妈妈来到了一座海滨小城过暑假。

在这里，小健和一位自称“裤子船长”的老人成为忘年交，并且一起修建“裤子号”。

曾经驾船满世界航行的船长，有着一肚子奇妙的历险故事:被世界遗忘的渡渡鸟，流浪到南冰洋的口琴岛，给妖怪治病的苏格拉底医生等,这些故事深深吸引了小健。

在和船长相处的日子里，小健逐渐开朗起来,连身体都变得健康、壮硕了许多。