迷你特工队成功防御住了怪诞博士的攻击，为了应对今后的强敌，他们开发出了全新的超级恐龙机甲！
真正的反派头领鬼面大王重新赋予怪诞博士更加强大的力量，但是怪诞博士还是屡战屡败。

鬼面大王终于无法容忍怪诞博士的失败，派遣了新的手下——狂野博士。
大敌当前，迷你特工队迅速补充了 ——丽娜。

面对不断变强的敌人，包括丽娜在内的六名队员通过共同合作、运用智慧与勇气，最终击退一个又一个强敌，保护了人类和地球。