一只少年科考队坐飞机前往南极考察，在快要接近科考站时，发生意外出现空难，聪明吴等几人幸存，并立马展开救援。幸存者在稍作安顿后，聪明吴出去寻找科考站，无意中找到了一个神秘的山洞据点，并返回空难现场，把大伙带到了山洞。
原来，这个山洞是从来未对外公开的一个神秘计划，种子计划的备份点。他们在这里得到了补给和电源，并且发现了许多秘密，其中，包括冷冻休眠的叶子飞妈妈。由此，他们知道了种子计划的原始种子，都在太空母舰上，并且叶子飞妈妈就是上面的航天员。
聪明吴四人接触到了叶子飞妈妈的太空母舰和种子计划，并有幸前去参观和学习，他们被太空总部看中，承诺只要顺利通过考核，他们将正式成为太空母舰上的成员。紧张的学习和训练开始了。
在一次远离太空母舰的考核中，聪明吴他们遭遇意外，与母舰失联，飞船也出现故障，还面临缺氧的困境，命悬一线。